En 1903 se instala el órgano, un Merklin de estilo romántico francés, que había obtenido el “Grand-Prix” en la Exposición Universal de París de 1900. Es un instrumento musical de grandes recursos técnicos, con 25 de registros, tres teclados de mano, un pedalier de 30 notas, 10 pedales de acoplamiento, sistema pneumático-tubular y motor eléctrico. Entre sus características destaca la sonoridad de los juegos mordentes y de fondo, unidos a la redondez de la trompetería francesa. El mueble es de estilo neogótico, tallado en madera de roble.
En 1940, como consecuencia de los desperfectos de la guerra civil, la casa Amezua se encargó de su reparación y se puso de nuevo en funcionamiento con un concierto en el que intervinieron el señor Errandonea, el maestro don Ramón González Amezua y don Juan Tellería.
En 1952 se emprende la obra de adaptación del sistema eléctrico junto con una reparación total, que realiza “Organería Española” de Azpeitia, bajo la dirección de don Ramón González Amezua. La tarea, que se finalizó el 7 de diciembre de 1953, se bendijo e intervienen los maestros Errandonea y González Amezua; al día siguiente, fiesta de la Inmaculada, lo hicieron los maestros Guridi, Soto y Errandonea.
El 3 de Febrero de 1992 es incluido en el Inventario General de Bienes Muebles del Patrimonio Histórico Nacional. Se toma conciencia de la urgencia de una restauración en profundidad.
En 1995 nace la “Asociación de Amigos de la Música y del Órgano del Perpetuo Socorro”, que coordina el área de sensibilidad musical en el Santuario. Se espera que la ayuda de algún “mecenas” particular o de los organismos oficiales de la Comunidad de Madrid o de la Comunidad Europea, posibilite su restauración y recuperación definitiva. Dicha Asociación tiene varios proyectos de restauración, uno de ellos elaborado por el constructor y restaurador de órganos Peter Plum Orgelbau (alemán) que ha estado varias veces en Madrid para confeccionar el proyecto, afinar el órgano y hacer algunas pequeñas reparaciones urgentes; otro de los hermanos Orta (Pamplona) menos ambicioso y más realista.
Mientras llega el día de la restauración, la Asociación viene ofreciendo diferentes conciertos de órgano y la participación de escolanías, coros y orquestas nacionales e internacionales.
Algunos de estos conciertos ofrecidos son: El Mesías" de Haëndel, El Requiem" de Mozart, "La Pasión según San Juan", "Misa en Sol Mayor" de Schubert... o dramas sacros como la representación de "La Pasión y Muerte de Cristo en la España mística" y "Las siete últimas palabras de Cristo en la Cruz" de J. Haydn. Estos conciertos han hecho posible la recuperación del Santuario como centro de música y teatro sacro, aprovechando así las condiciones acústicas y de espacio que ofrece.
